معرفی DNAآپتامر کوتاه شده به عنوان پروب مولکولی جدید برای ردیابی آفلاتوکسین B۱ به کمک تکنیک های شبیه سازی محاسباتی
محل انتشار: فصلنامه بیماریهای گیاهی، دوره: 56، شماره: 1
سال انتشار: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 297
فایل این مقاله در 19 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJPP-56-1_006
تاریخ نمایه سازی: 2 اسفند 1400
چکیده مقاله:
توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسین B۱ (AFB۱)، ابتدا به کمک الگوریتم ژنتیک یک کتابخانه الیگونوکلئوتیدی اولیه(Lib۱) براساس توالی آپتامری اختصاصی آفلاتوکسین B۱ (bp ۵۰ Apt۱,) طراحی گردید. قدرت اتصال توالی های آپتامری کتابخانه Lib۱ به مولکول AFB۱ با روش داکینگ مولکولی ارزیابی و بهترین توالی آپتامری با هدف ایجاد کتابخانه جدید(Lib۲) و با استراتژی کوتاه کردن تغییر داده شد. غربال مجازی توالی های آپتامری کتابخانه Lib۲ از نظرقدرت اتصال به مولکول AFB۱ منجر به معرفی توالی آپتامری کوتاه شده C۵۲-T با طول bp ۱۹ گردید. پایداری و نوع تعاملات درکمپلکس آپتامری C۵۲-T و مولکول AFB۱ با روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی و MM-PBSA مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تخمین ثابت اتصال برای توالی های آپتامری C۵۲، C۵۲-T و Apt۱ با روش رنگ سنجی مبتنی بر نانوذرات تغییر نیافته طلا در مطابقت کامل با نتایج مطالعات درون رایانه ای بود. به نظر می رسد که تکنیک های محاسباتی از پتانسیل بسیار خوبی درمعرفی پروب های مولکولی و حساس جهت طراحی آپتاسنسورهای اختصاصی مایکوتوکسین ها برخوردار باشند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
مریم موسیوند
گروه گیاهپزشکی. پردیس کشاورزی و منابع طبیعی-دانشگاه تهران- بخش بیوتکنولوژی میکروبی- پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
محمد جوان نیکخواه
عضو هیئت علمی دانشگاه تهران
کوثر باقرزاده
مرکز تحقیقات چشم. بیمارستان رسول اکرم. دانشگاه علوم پزشکی ایران. تهران. ایران
لورا آنفوسی
دانشکده شیمی، دانشگاه تورین ایتالیا
امیر میرزادی گوهری
گروه گیاهپزشکی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :